Fils du sultan Sidi Mohammed ben Abdallah, Moulay Slimane, au début de son long règne (trente ans) eut à combattre deux de ses frères, Moulay Hicham, reconnu comme sultan par une partie du Sud du Maroc, et Abderrahmane, reconnu par d'autres territoires dans le Tafilalet.

Malgré sa victoire sur ses deux frères, trois nouvelles crises apparurent : une crise montagnarde et berbère (dans le Rif, dans le Moyen et Haut-Atlas) qui éclata vers 1810, une crise religieuse résultant de la recrudescence du pouvoir des zaouias et enfin une crise dynastique qui fut la synthèse des deux précédentes. Afin de faire face à ces problèmes, Moulay Slimane n’hésita pas à utiliser certaines confréries notamment celle des Derkaoua puis celle des Tijanya.

Les Rifains furent battus en 1813. Les Berbères de la tribu des Ait Atta prirent le contrôle d’une partie du Tafilalet en 1816. Le soulèvement dans le Moyen-Atlas fut le plus important avec toutes les tribus sanhaja et zénètes de la région s’unissant autour du chef des Ait Sidi Ali, Abou Bakr Amhaouch. Ils se trouvaient ainsi coalisés contre le sultan et rejoints par les Zemmour. En 1818, l’armée du sultan est battue par cette coalition, Moulay Slimane fait prisonnier et son fils Moulay Brahim tué. Durant sa captivité de quatre jours, en tant que descendant du prophète, le sultan fut traité avec respect avant d’être libéré par les insurgés. De plus, les rebelles ne remettaient pas en question la dynastie alaouite. Amhaouch, désormais maître de la montagne berbère, entra dans la ville de Fès en 1820 et y rencontra les chefs de la confrérie de Ouezzane qui étaient également en guerre contre le sultan.

Sur le plan international et jusqu’en 1805, date marquant le déclin du commerce extérieur, Moulay Slimane reprit la politique de Sidi Mohammed ben Abdallah. A l’aube du XIXe siècle, ce déclin est considéré comme une des sources d’appauvrissement du Maroc inaugurant une politique d’isolement et de repli.

Comme ses prédécesseurs, Moulay Slimane entreprit la construction et la restauration d’édifices religieux. Il fonde à Fès, la medersa de Bab Guissa, la grande mosquée al-Rcif et entreprend la construction de la demeure seigneuriale Dar Moulay Slimane. Il réalisa aussi des travaux au Dar al-Makhzen, à Fès, en y ajoutant des enclos fortifiés. Au début du XIXe siècle, sont fondées, à Rabat, la mosquée al-Qoubba et la mosquée Moulay Slimane.

La fin du règne de Moulay Slimane se caractérise par l’affaiblissement du pouvoir central. En 1822, le sultan fut à nouveau battu et son vainqueur, le chef de la zaouia cherradiya, le libéra. Une fois de retour à Marrakech et ayant perdu tout son prestige, Moulay Slimane choisit comme successeur un de ses neveux, Moulay Abderrahmane ben Hicham, fils de son frère Moulay Hicham.